La chiesa attuale sorge sull'area di un'antica chiesa,
Santa Maria de fovea (o della fossa o in petrocia).
Essa fu concessa nel 1488 all'Arciconfraternita di San Giovanni decollato,
di origine fiorentina, che la fece ricostruire nel 1504.
Altri restauri furono eseguiti nel 1727 e nel 1888.

Scopo dell'Arciconfraternita era di assistere i condannati a morte,
invitarli al pentimento, confortarli sino all'estremo, e seppellirne i cadaveri;
essi ridedicarono la chiesa a San Giovanni Battista, patrono di Firenze,
ed elessero come festa principale il giorno dedicato alla sua decollazione e morte.

La chiesa fu ultimata nel 1588; nel 1600 Clemente VIII ne fece costruire il chiostro,
nel quale sono ancora visibili le fosse comuni dei condannati a morte qui sepolti.
Esse sono coperte da chiusini in marmo sui quali è scritto:
“Domine, cum veneris iudicare, noli me condemnare”
(Signore, quando verrai a giudicare, non condannarmi) .

La chiesa è a navata unica con tre nicchie per lato,
ed è affrescata da artisti toscani del XVI secolo con figure di santi;
fra questi, ricordiamo Jacopino del Conte e Francesco Salviati.

Nella camera storica dell'Arciconfraternita sono conservati numerosi cimeli relativi
all'attività della medesima: tra le altre cose, il cesto che raccoglieva la testa dei giustiziati,
l'inginocchiatoio sul quale Beatrice Cenci recitò l'ultima sua preghiera,
le barelle sulle quali i confratelli trasportavano i resti dei condannati a morte.