پزشک ۷۱ ساله مصری که در فهرست تحت تعقیب‌ترین تروریست‌های جهان بود، یک‌شنبه، سی و یکم ژوئیه، با استفاده از موشک شش تیغه هلفایر در حمله پهپادی آمریکا در شهر کابل کشته شد. الظواهری از طراحان حمله مرگبار ۱۱ سپتامبر بر مرکز تجارت جهانی بود که حدود ۳ هزار کشته برجا گذاشت. او در همراهی با اسامه بن لادن، این حمله را از افغانستانِ زیر سلطه ملا عمر طراحی کرد. ملا عمر، بنیان‌گذار و رهبر پیشین طالبان، از اسامه بن لادن، الظواهری و دیگر تروریست‌های خارجی، به عنوان «مهمان» پذیرایی می‌کرد.
پس از آنکه القاعده مسئولیت حملات ۱۱ سپتامبر را به عهده گرفت، آمریکا عملیاتی را به منظور سرکوب این شبکه و بازداشت سران آن که عامل کشتار شهروندان آمریکایی بودند روی دست گرفت. تلاش آمریکا برای متقاعد ساختن ملا عمر به اینکه اسامه بن لادن را تحویل آمریکا دهد ناکام شد. ملا عمر در پاسخ به آمریکا گفت، اسامه مهمان افغان‌ها است و افغان‌ها مهمان خود را تحویل دشمن نمی‌دهد. فروپاشی رژیم طالبان، با حمله آمریکا به افغانستان در اواخر ۲۰۰۱ رقم خورد و تا سه ماه پس از آغاز عملیات، بساط طالبان از سراسر افغانستان برچیده شد. سران طالبان، به شمول مهمان‌های شان به پاکستان پناه بردند. جایی که اسامه بن لادن در ۲۰۱۱ توسط حمله نیروهای آمریکایی به قتل رسید.