No ano de 1964, decide retornar ao Brasil após concluir seus estudos pelo Union Theological Seminary. Entretanto, após ser perseguido pelo regime militar em 1968 e ser taxado como subversivo, Rubem Alves retorna aos Estados Unidos com sua família a fim de fugir das ameaças que sofria. Ali ele se doutora em Filosofia pelo Princeton Theological Seminary. A tese por ele defendida é lançada em 1969 pela editora Corpus Books, da Igreja Católica, com o título de A Theology of Human Hope, primeiro passo para a constituição da Teologia da Libertação.