Paolo era nato nel 1556 da una famiglia benestante di Kyoto, la capitale dell’arte e della cultura giapponese. Suo padre, un nobile samurai, si era convertito al Cristianesimo assieme ad alcuni monaci buddisti. All’età di cinque anni riceve il battesimo per poi entrare, giovanetto, nel seminario dei gesuiti e proseguire negli studi di teologia.