Tre livelli espositivi sorti dentro un’antica chiesa francescana. Il piano terreno, che ospita anche mostre temporanee, è caratterizzato da una vasta navata centrale e due laterali, separate da colonne con capitelli scolpiti, e campate arricchite da affreschi. 
Al primo piano si trova il museo di scienze naturali, con una selezione di animali impagliati, una collezione di minerali, una puntuale stratigrafia del Sempione, una sezione di botanica, e ancora entomologia, malacologia, anatomia comparata e alcuni interessanti reperti organici. 
Il secondo piano è concepito come uno spazio in cui entrare a contatto con l’arte nelle sue declinazioni più intime.  
Nella sezione archeologica si possono ammirare manufatti di diverse età e culture, dell’antico Egitto, della preistoria, dell’età leponzia e della romanità. L’arte sacra è rappresentata da suppellettili liturgiche, vetri dipinti, intagli e sculture lignee policrome, e dalle sculture in pietra della chiesa di S. Francesco. 
Nella pinacoteca, con dipinti e disegni databili tra la fine del Cinquecento e il Novecento, si trovano diverse opere realizzate da artisti della Valle Vigezzo, la “Valle dei Pittori”.